中央政府性基金收入預算數為3820.85億元，決算數為4087.69億元，為預算的107%。加上2020年結轉收入240.16億元、地方上解收入2.05億元和從一般公共預算調入資金90億元，中央政府性基金收入總量為4419.9億元。中央政府性基金支出預算數為4059.97億元，決算數為4003.31億元，完成預算的98.6%，其中：中央本級支出預算數為3325.86億元，決算數為3201.02億元，完成預算的96.2%；中央對地方轉移支付預算數為734.11億元，決算數為802.29億元，完成預算的109.3%。政府性基金預算調出資金1億元。對于收入大于支出415.59億元，根據《國務院關于印發推進財政資金統籌使用方案的通知》（國發〔2015〕35號）等政策規定作如下處理：一是單項政府性基金結轉資金超過其當年收入30%的部分和已取消基金的結余資金共34.79億元，用于補充預算穩定調節基金，包括核電站乏燃料處理處置基金27.1億元、船舶油污損害賠償基金1.37億元、彩票公益金6.18億元、其他政府性基金0.14億元；二是其余380.8億元繼續結轉下年使用。各項基金管理制度及決算情況具體如下：
一、中央農網還貸資金。經國務院批準設立，2001年財政部印發《農網還貸資金征收使用管理辦法》（財企〔2001〕820號）。基金對農網改造貸款“一省多貸”（農網改造工程貸款由多個電力企業承貸）省份的電力用戶征收，征收標準為2分/千瓦時。收入按國家批準的農網改造貸款計劃分別上繳中央、地方國庫，主要用于農村電網改造貸款還本付息。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年中央農網還貸資金收入預算數為191.1億元，決算數為210.35億元，為預算的110.1%，主要是社會用電量增長高于預期。2021年中央農網還貸資金支出預算數為216.65億元，決算數為214.59億元，完成預算的99%。
二、鐵路建設基金。經國務院批準設立，該基金按貨物分類執行定額征收標準，對鐵路貨運的貨主征收，征收范圍是經國鐵正式營業線和執行統一運價的運營臨管線運輸的整車、零擔和集裝箱貨物。收入全部為中央收入，主要用于國家計劃內的大中型鐵路建設項目以及與建設有關的支出。1991年原國家物價局發布了《關于提高鐵路貨物運價的通知》（價費字〔1991〕125號），將鐵路貨物運價每噸公里平均提高2厘，此次調價收入專項用于鐵路建設，形成了最初的鐵路建設基金。自1992年以來，該項基金征收標準又進行了三次調整，目前征收標準為每噸公里農藥1.9分，磷礦石2.8分，其他大宗貨物3.3分，糧食、棉花、農用化肥、黃磷免征。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年鐵路建設基金收入預算數為535.65億元，決算數為567.45億元，為預算的105.9%，主要是電煤保供等特殊因素導致超收較多。2021年鐵路建設基金支出預算數為536.45億元，決算數為536.45億元，完成預算的100%。
三、民航發展基金。依據《國務院關于印發民航體制改革方案的通知》（國發〔2002〕6號）、《國務院關于促進民航業發展的若干意見》（國發〔2012〕24號）、《財政部關于民航發展基金和旅游發展基金有關問題的通知》（財稅〔2015〕135號）、《民航發展基金征收使用管理暫行辦法》（財綜〔2012〕17號）等有關規定征收使用。民航發展基金收入有兩個來源：一是向中國境內注冊設立并使用中國航線資源從事客貨運輸業務的航空運輸企業和從事公務飛行的通用航空企業征收，標準按照飛行航線分類、飛機最大起飛全重、飛行里程設定，0.75～4.6元/公里不等。為落實減稅降費要求，從2020年7月1日起該部分征收標準降低50%；在此基礎上，2021年再降低20%，即降為原標準的40%。二是向中國境內乘坐國內、國際和地區（香港、澳門和臺灣，下同）航班的旅客征收，乘坐除支線航班以外的國內航班旅客每人次50元，乘坐國際和地區航班的旅客每人次70元。民航發展基金主要用于支持民航事業發展，包括機場飛行區、航站區、機場圍界、民航安全、空中交通管制系統等基礎設施建設；對支線航空、中小型民用運輸機場進行補貼；加強持續安全能力和適航審定能力建設等。民航發展基金2020年底到期，經國務院批準，自2021年1月1日起繼續征收，截止日期另行明確。
2021年民航發展基金收入預算數為319.07億元，決算數為264.65億元，為預算的82.9%，主要是受疫情反復影響，航班數量減少超出預期。2021年民航發展基金支出預算數為326.24億元，決算數為268.72億元，完成預算的82.4%，主要是短收相應削減支出。
四、旅游發展基金。為促進我國旅游業發展，1991年國務院批準設立了旅游發展基金，從乘坐國際和地區航班出境的中外旅客繳納的民航發展基金中提取，提取標準為20元/人次，收入全部為中央收入，主要用于支持旅游業發展。按照《財政部關于印發<旅游發展基金項目資金支出管理辦法>的通知》（財教〔2021〕93號），旅游發展基金支出分為中央本級項目資金和補助地方項目資金。其中，中央本級項目資金主要用于國內外旅游宣傳推廣；補助地方項目資金主要用于旅游公共服務提升、旅游業轉型升級融合發展等。經國務院批準，旅游發展基金自2021年1月1日起繼續征收，截止日期另行明確。
2021年旅游發展基金收入預算數為5億元，決算數為0.48億元，為預算的9.6%，主要是受疫情影響出入境航班大幅減少。2021年旅游發展基金支出預算數為2.91億元，決算數為0.36億元，完成預算的12.4%，主要是短收相應削減支出。
五、國家電影事業發展專項資金。依據《電影管理條例》設立，對辦理工商注冊登記的經營性電影放映單位征收，征收標準為電影票房收入的5%。收入中央、地方按4:6比例分成，主要用于支持電影事業發展，包括資助影院建設和設備更新改造，資助少數民族電影譯制，資助重點制片基地建設發展，獎勵優秀國產影片制作、發行和放映，資助國產電影“走出去”，資助文化特色、藝術創新影片發行和放映，全國電影票務信息管理系統建設和維護等。為規范相關資金管理，財政部和電影主管部門印發《國家電影事業發展專項資金征收使用管理辦法》（財稅〔2015〕91號）、《中央級國家電影事業發展專項資金預算管理辦法》（財教〔2019〕260號）等文件。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年國家電影事業發展專項資金收入預算數為11.72億元，決算數為8.67億元，為預算的74%，主要是電影票房收入低于預期。2021年國家電影事業發展專項資金支出預算數為10.45億元，決算數為6.86億元，完成預算的65.6%，主要是短收相應削減支出。
六、中央水庫移民扶持基金。包括大中型水庫移民后期扶持基金、跨省際大中型水庫庫區基金、三峽水庫庫區基金三項收入，依據《國務院關于完善大中型水庫移民后期扶持政策的意見》（國發〔2006〕17號）設立，主要對電力用戶或有發電收入的跨省大中型水庫征收，分省份執行不同定額征收標準。收入全部為中央收入，主要用于水庫移民生產生活補助（自搬遷完成之日起連續扶持20年），支持庫區及移民安置區基礎設施建設、維護和經濟發展，以及解決水庫移民其他遺留問題。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年中央水庫移民扶持基金收入預算數為297.85億元，決算數為324.83億元，為預算的109.1%，主要是實際社會用電量增長高于預期。2021年中央水庫移民扶持基金支出預算數為315.94億元，決算數為315.93億元，完成預算的100%。
七、中央特別國債經營基金財務收入。經國務院批準，2008年財政部印發了《中央財政外匯經營基金管理辦法》（財金〔2008〕118號）。該項基金財務收入來源于中國投資有限責任公司經營收益和企業所得稅，用于支付1.55萬億特別國債利息及相關發行費用。
2021年中央特別國債經營基金財務收入預算數為631.71億元，決算數為634.34億元，為預算的100.4%。2021年中央特別國債經營基金財務支出預算數為632.92億元，決算數為632.92億元，完成預算的100%。
八、彩票公益金。根據《彩票管理條例》、《彩票管理條例實施細則》以及《財政部關于印發<彩票公益金管理辦法>的通知》（財綜〔2021〕18號）等規定，彩票公益金按照規定比例從彩票發行銷售收入中提取，專項用于社會福利、體育等社會公益事業發展。彩票公益金中央與地方按5:5比例分成，中央集中部分按60%、30%、5%和5%的比例分配至全國社會保障基金、中央專項彩票公益金、民政部和國家體育總局。其中，中央專項彩票公益金使用范圍包括紅十字事業、殘疾人事業、醫療救助、教育助學、未成年人校外教育、文化、養老服務、法律援助等。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年彩票公益金收入預算數為390.46億元，決算數為521.17億元，為預算的133.5%。主要是彩票銷量回升超出預期。2021年彩票公益金支出預算數為534.64億元，決算數為502.42億元，完成預算的94%。
九、國家重大水利工程建設基金。經國務院批準設立，2009年財政部會同國家發展改革委、水利部印發了《國家重大水利工程建設基金征收使用管理暫行辦法》（財綜〔2009〕90號）。該基金利用三峽工程建設基金停征后的電價空間設立，對除西藏自治區等以外的全國銷售電量計征，用于解決南水北調工程建設資金缺口、三峽工程后續問題以及加強中西部地區重大水利工程建設。14個南水北調和三峽工程受益省份籌集的基金，全額上繳中央國庫，由中央財政安排用于南水北調工程建設、三峽工程后續工作、支付三峽工程公益性資產運行維護費用和支付基金代征手續費；16個南水北調和三峽工程非受益省份籌集的基金，全額上繳省級國庫，由相關省份安排用于本地重大水利工程建設。
2021年國家重大水利工程建設基金收入預算數為115.74億元，決算數為125.26億元，為預算的108.2%，主要是實際社會用電量增長高于預期。2021年國家重大水利工程建設基金支出預算數為126.61億元，決算數為125.96億元，完成預算的99.5%。
十、核電站乏燃料處理處置基金。2010年財政部會同國家發展改革委、工業和信息化部印發了《核電站乏燃料處理處置基金征收使用管理暫行辦法》（財綜〔2010〕58號），規定凡擁有已投入商業運行五年以上壓水堆核電機組的核電廠，按照實際上網銷售電量和0.026元/千瓦時的標準繳納乏燃料處理處置基金。收入全部為中央收入，主要用于乏燃料運輸、離堆貯存、后處理、高放廢物的處理處置和乏燃料后處理廠建設、運行、改造、退役等支出。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年核電站乏燃料處理處置基金收入預算數為36.3億元，決算數為41.22億元，為預算的113.6%，主要是核電站上網銷售電量超過預期。2021年核電站乏燃料處理處置基金支出預算數為45.37億元，決算數為10.83億元，完成預算的23.9%，主要是該項基金計劃主要支持大型商用乏燃料后處理廠建設，有關項目投入較大、尚未立項，目前安排部分支出用于乏燃料運輸、離堆貯存及后處理科研等。
十一、可再生能源電價附加。可再生能源電價附加依據《中華人民共和國可再生能源法》設立，主要目的是促進可再生能源開發利用，增加能源供給，改善能源結構，保障能源安全。2011年財政部會同國家發展改革委、國家能源局印發了《可再生能源發展基金征收使用管理暫行辦法》（財綜〔2011〕115號），明確自2012年1月1日起，對除西藏自治區以外的各省（區、市）扣除農業生產用電后的銷售電量征收電價附加，目前的征收標準為1.9分/千瓦時，專項用于可再生能源發電電價補貼。資金管理辦法為《可再生能源電價附加資金管理辦法》(財建〔2020〕5號),補助標準根據可再生能源上網電價、脫硫燃煤機組標桿電價等因素確定。
2021年可再生能源電價附加收入預算數為881.8億元，決算數為963.58億元，為預算的109.3%，主要是實際社會用電量增長高于預期。2021年可再生能源電價附加支出預算數為890.67億元，決算數為890.68億元，完成預算的100%。
十二、船舶油污損害賠償基金。依據《海洋環境保護法》、《防治船舶污染海洋環境管理條例》設立，2012年財政部會同交通運輸部印發了《船舶油污損害賠償基金征收使用管理辦法》（財綜〔2012〕33號）。該基金主要對在我國管轄水域內接收從海上運輸持久性油類物質的貨物所有人或其代理人征收，征收標準為0.3元/噸。收入全部為中央收入，用于船舶油污損害及相關費用的賠償、補償。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年船舶油污損害賠償基金收入預算數為1.6億元，決算數為1.75億元，為預算的109.4%。2021年船舶油污損害賠償基金支出預算數為1.92億元，決算數為0.17億元，完成預算的8.9%，主要是當年未發生較大的船舶油污損害賠償。
十三、廢棄電器電子產品處理基金。依據《廢棄電器電子產品回收處理條例》設立，2012年財政部會同生態環境部（原環保部）、國家發展改革委、工業和信息化部、海關總署、國家稅務總局印發了《廢棄電器電子產品處理基金征收使用管理辦法》（財綜〔2012〕34號）。該基金主要對電器電子產品生產者、進口電器電子產品的收貨人或者其代理人征收，征收標準為7～13元/臺，不同類型產品標準不同。收入全部為中央收入，主要用于廢棄電器電子產品處理費用補貼。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年廢棄電器電子產品處理基金收入預算數為27億元，決算數為28.1億元，為預算的104.1%。2021年廢棄電器電子產品處理基金支出預算為30.76億元，決算數為30.61億元，完成預算的99.5%。
十四、彩票發行和銷售機構業務費。根據《彩票管理條例》、《彩票管理條例實施細則》以及《財政部關于將彩票發行機構業務費納入政府性基金預算管理有關問題的通知》（財綜〔2015〕10號）等規定，彩票發行和銷售機構業務費由彩票發行和銷售機構按照彩票銷售額一定比例提取，自2015年起納入政府性基金預算管理，專項用于彩票發行和銷售活動。目前有關辦法未規定實施期限。
2021年彩票發行和銷售機構業務費收入預算數為38.74億元，決算數為38.33億元，為預算的98.9%。2021年彩票發行和銷售機構業務費安排的支出預算數為43.58億元，決算數為37.18億元，完成預算的85.3%。
十五、抗疫特別國債財務基金。為做好抗疫特別國債的還本付息工作，設立“抗疫特別國債財務基金”，用于中央財政安排付息資金和地方財政歸集還本資金。
2021年抗疫特別國債財務基金收入預算數為277.35億元，決算數為272.35億元，為預算的98.2%。2021年抗疫特別國債財務基金支出預算數為277.35億元，決算數為272.35億元，完成預算的98.2%。主要是根據中央財政付息實際需要組織收入和安排支出。
十六、其他政府性基金。反映港口建設費取消后的清理性收支。2021年其他政府性基金收入預算數為1億元，決算數為0.91億元，為預算的91%。2021年其他政府性基金支出預算數為4.54億元，決算數為94.33億元，主要是從一般公共預算調入90億元用于重大急需水運建設項目。
十七、新疆生產建設兵團政府性基金。主要包括國有土地使用權出讓金、國有土地收益基金、農業土地開發資金、城市基礎設施配套費、污水處理費等。具體收支情況如下：
1.國有土地使用權出讓金。2021年收入預算數為57.24億元，決算數為80.18億元。2021年支出預算數為61.68億元，決算數為61.65億元。
2.國有土地收益基金。2021年收入預算數為零，決算數為0.07億元。2021年支出預算數為零，決算數為零。
3.農業土地開發資金。2021年收入預算數為零，決算數為0.27億元。2021年支出預算數為零，決算數為零。
4.城市基礎設施配套費。2021年收入預算數為1.14億元，決算數為3.27億元。2021年支出預算數為0.91億元，決算數為0.92億元。
5.污水處理費。2021年收入預算數為0.38億元，決算數為0.46億元。2021年支出預算數為0.38億元，決算數為0.38億元。
此外，新疆生產建設兵團還涉及少量彩票公益金收支，已納入中央彩票公益金項目統一反映。
