清遠市地貌、氣候、土壤的復雜多樣性，形成以森林為主體的動植物共生競長的生態系統，并構成中國南方珍稀動植物的物種基因庫。2022年，清遠市有陸生野生動物485種（包括兩棲綱34種、爬行綱83種、鳥綱264種、獸綱104種）。主要有：犲、大靈貓、林麝、海南鳽、黃腹角雉等61種。清遠市有維管植物（包括被子植物、裸子植物、蕨類植物三大類）270科、877屬、2439種，其中國家重點保護野生植物主要有：厚樸、廣東含笑、合柱金蓮木、丹霞梧桐等29種。