清遠市地貌、氣候、土壤的復雜多樣性，形成以森林為主體的動植物共生競長的生態系統，并構成中國南方珍稀動植物的物種基因庫。2020年，清遠市加大濕地保護管理，現有濕地公園5個， 面積1770.13公頃。被列入國家重點保護常見的植物有南方紅豆杉、伯樂樹、報春苣苔、銀杏、桫欏、廣東松、觀光木、楠木、香樟、紅春、金毛狗等。國家重點保護野生動物有蟒蛇、短尾猴、穿山甲、小爪水獺、大靈貓、獼猴、毛冠鹿、蛤蚧、白鷴、大壁虎、虎紋蛙等。林木種類繁多，用材植物近200種，以杉、松、闊葉林和針葉林等為主。水果品種有沙田柚、水晶梨、龍眼、荔枝、黃皮、柑、橘等。