市交通運輸局內設機構15個（其中4個執法科室）具體內設機構名稱及職責調整如下：

一、辦公室。負責文電、會務、機要等機關日常工作；承擔政務信息、保密、信訪、政務公開、對外宣傳等工作。

二、政策法規科。指導交通行業體制改革、結構調整等工作;負責交通法律、法規、規章和政策措施的監督實施；承擔機關有關規范性文件的合法性審核工作；負責有關行政復議、行政應訴工作；指導收費公路的業務管理工作；指導本系統依法行政和普法教育工作。

三、財務審計科。組織編制部門預、決算；負責局機關會計核算、國有資產賬務管理和內部審計工作，會同有關部門管理交通各專項資金；負責局管交通資金的撥付及使用監督；指導局直屬單位財務審計和國有資產賬務管理工作。

四、綜合規劃科。組織編制綜合交通運輸體系規劃及公路、水路、港口、地方鐵路等發展戰略、專項規劃；參與擬訂物流業發展戰略和規劃；組織審查、審核交通規劃，指導、參與基建項目的重大方案調整。承擔公路、水運交通行業對外合作與交流工作。擬定交通行業科技、教育、信息化發展規劃、計劃、措施并指導實施，組織重大交通科技專項規劃。承擔交通基礎設施建設項目前期工作、后期評價工作及參與有關規劃的審核工作；負責港口建設使用岸線布局的行業管理；負責交通運輸綜合統計。承擔其他有關協調管理工作；負責交通建設項目計劃安排的編報工作。

五、綜合運輸科（行政審批科）。指導道路運輸行業管理及城市公共客運的相關工作；組織實施重點物資和緊急客貨公路運輸；按規定承擔物流市場有關管理工作；組織協調道路、水路、地方鐵路等多種運輸方式的銜接工作;協調地方鐵路的運營管理工作；協調民航、郵政及鐵路等運輸管理機構的涉地相關工作；配合有關部門加強公路、水路交通無線電管理；指導道路運輸行業環境保護和節能減排工作；負責市級道路旅客運輸經營、道路貨物運輸經營、城市公共汽（電）車客運和出租車客運經營以及道路運輸相關業務許可管理。負責經營性道路運輸（客貨運輸、出租汽車、道路危險貨物）從業人員從業資格監督管理。主要承擔辦理辦結不需要現場勘察、專業論證、集體研究、社會聽證、上報審批等本單位所有行政審批事項，并牽頭受理、協調督辦其他行政審批事項。

六、基建管理科。負責公路、水路建設市場的監督管理;負責交通基本建設工程質量、造價監督工作;負責市管交通建設項目設計、施工、監理、試驗檢測許可審批；組織市、縣重點交通建設項目的竣工驗收;指導公路養護和農村公路建設的管理工作；組織審查、審核交通工程的設計方案，重大技術事故鑒定的調查；負責交通工程科學研究、科技交流工作及新技術、新材料、新工藝的推廣應用；參與對在建項目工程質量與施工安全的監督檢查。負責全市交通工程質量監督工作的行業管理和業務指導工作。

七、港航管理科。參與擬訂水運和港口發展戰略，指導和監督水運和港口方針政策和地方性法規、規章的實施；負責水路運輸及輔助業和港口經營及輔助業的行政許可或備案；參與水路、港口規劃及建設項目審核，負責對港口公用基礎設施的監督管理；負責水路運輸、水路運輸服務及船舶代理等輔助性業務的行業管理;負責港口輔助業的行業管理；參與管理水路運輸有關經費的統籌使用，參與組織征收和管理港口行政管理等相關規費；負責組織實施水路重點物資、軍事、防洪搶險、緊急客貨運輸；協調海事等管理機構的涉地相關工作。

八、交通戰備科。負責執行國家和省國防交通工作的方針政策和法律法規，擬訂全市有關國防交通工作的規定和計劃并組織實施；指導全市交通戰備系統的相關工作，協調處理有關問題；為軍事行動和其他緊急任務組織交通保障，承擔市交通戰備職責范圍內具體工作；承辦市人民政府、市國防動員委員會和上級國防交通主管機構交辦的其他事項。

九、交通安全科（應急辦公室）。組織擬訂交通行業安全生產管理規章制度并監督檢查執行情況；指導交通行業安全生產的管理工作，監督落實安全生產責任制；組織、指導交通行業安全生產和應急管理的宣傳教育工作；按規定組織或參與交通行業安全生產事故的調查處理工作；負責交通行業安全生產事故統計上報工作；完成上級交辦的其他任務。

十、路政管理科。宣傳、執行有關公路路政管理的法律法規、規章制度和政策；依法規對市轄區內國、省、縣、鄉道實施路政管理工作，制定路政管理工作計劃，實施路產路權管理，依權限實施路政許可及路產索賠工作；維護路產、路權、公路設施的完整；指導各縣（市、區）交通運輸局路政管理工作，公路、公路用地和公路設施登記、確權工作，建立健全公路管理檔案工作；參與公路工程交工、竣工驗收。

十一、執法監督科。貫徹執行國家、省有關交通運輸方針、政策和法律法規規章，擬訂全市交通綜合行政執法的工作規劃、業務規范及各項管理制度；負責全市交通綜合行政執法的監督及統籌、協調工作，部署、組織全市統一或專項綜合執法行動及跨區域的交通綜合行政執法工作；指導、監督與考核全市交通綜合行政執法工作；負責交通綜合行政執法文書的發放和使用情況的登記管理工作;負責組織交通綜合行政執法人員的執法培訓。

十二、執法一科（執法一支隊）。負責對管轄的高速公路（汕湛、廣清連<含清西大橋及連線>、二廣、韶賀等高速）路政的行政檢查、行政處罰、行政強制等工作；負責本科執法案件統計、信息管理、執法文書及違章案件卷宗檔案管理和內部監督工作；負責市屬行政執法職責的行政檢查、行政處罰、行政強制等執法職能。

十三、執法二科（執法二支隊）。負責管轄的高速公路（廣韶、廣樂、汕昆、廣連、佛清從等高速）路政的行政檢查、行政處罰、行政強制等工作；負責本科執法案件統計、信息管理、執法文書及違章案件卷宗檔案管理和內部監督工作。

十四、執法三科（執法三支隊）。統籌全市交通運輸智能化、信息化建設的行業管理工作；負責擬訂交通運輸行業信息化發展規劃、計劃和措施；承擔交通運輸信息安全保密；負責督導全市運用信息化手段（含高速公路及普通公路非現場執法）監管重點路段、源頭單位、公路治超檢測站（點）、客貨運輸站場、港口、碼頭等；指導全市交通綜合行政執法信息化建設及管理工作；負責道路運輸車輛動態監控管理工作；負責交通綜合行政執法公示和數據推送（含門戶網站、兩法銜接、兩建平臺等）；負責違章案件的統計、匯總、分析和上報；負責局信息網絡系統和網絡管理、運行、維護。

十五、人事科。負責機關和指導所屬事業單位人事管理、勞動工資、共青團、婦女、兒童、干部培訓和離退休人員服務工作；按規定管理所屬單位領導干部；負責局機關及指導所屬單位的人才工作。

機關黨委。負責機關和所屬事業單位的黨群工作。